Los Pteranodon eran pterosaurios, pero no dinosaurios. Por definición, todos los dinosaurios pertenecen a los grupos Saurischia u Ornithischia, de los que los pterosaurios no forman parte. Aun así, Pteranodon es frecuentemente representado en los medios de comunicación sobre dinosaurios y son frecuentemente asociados con estos por el público en general. Si bien no son dinosaurios, los pterosaurios como Pteranodon forman un clado hermano con los dinosaurios dentro del clado Avemetatarsalia.